De meeste bijwerkingen van het H1N1-vaccin zijn mild, zoals pijn, roodheid of zwelling op de injectieplaats, lichte koorts, hoofdpijn, spierpijn, vermoeidheid en misselijkheid. Deze duren doorgaans een paar dagen. Ernstigere bijwerkingen, zoals het Guillain-Barré-syndroom, komen zeer zelden voor.
