Autodock Atom Types

autodock is een educatief platform dat bekend atomen en een rooster interface gebruikt in combinatie met de verlijming van de mate van binding van de meeste kleine moleculen voorspellen. Dit geeft studenten de mogelijkheid om vrijwel studeren molecuulbinding zonder dat dure laboratorium tijd en training. Elementen

Autodock ondersteunt de basiselementen : H , C , N , O , F , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br en I. Deze zijn geparametriseerde binnen het programma, zodat het erkent de fysieke kenmerken , eigenschappen en reacties op andere elementen . Deze basiselementen kunnen worden gebruikt om een ​​molecuul en getest met het bindende applicatie of oplosmiddel. Bijvoorbeeld , zou een student aangeven twee waterstofmoleculen aan een zuurstof molecuul , H2O en in staat om dit water molecuul te testen tegen het bindend tarief zou zijn .
Binding

Autodock ondersteunt een groot aantal bindende of docking chemicaliën en onderdelen, moeten de naam en of het etiket van het docking -element in de gebruikersinterface worden getypt te vinden en selecteren van de juiste element . Autodock biedt een systeem van instrumenten ontworpen om te helpen zicht , monitoren en te versnellen het proces plakkend . Deze omvatten X - ray kristallografie , structure-based drug design , lead optimalisatie , virtuele screening ( HTS ) , combinatorische bibliotheek ontwerp , eiwit-eiwit docking en chemische mechanisme studies . Hierdoor kan een student om te werken met de elementen en om ze te binden onder een verscheidenheid van omstandigheden, zodat de beste en meest accurate test resultaten kunnen worden bereikt .
Grid kaart

rooster Autodock of Grid Kaart wordt gebruikt om te koppelen en match elementen met bindmiddelen , om dit te doen , moet de student de chemische naam van het element in een letter -formaat in te voeren om het te vinden op de grid . Elementen op de grid reeds bestudeerd en getest en hun omtrekken al zijn vastgesteld . Hierdoor kan een student om eenvoudig selecteren een atoom en bindmiddel zonder gegevens in te voeren . De autodock Grid Kaart maakt het dus een student om te leren over de eigenschappen en de grenzen van het atoom , terwijl het testen van de mate van binding .
Toevoegen Elements

Indien een student een element die nog niet in Autodock systeem is ingevoerd, mogen zij deze gegevens invoeren met Autodock 's reeds bestaande perimeter bestand met de exacte gedetailleerde informatie over het atoom in kwestie . Dit moet vervolgens worden geüpload naar Autodock en gekalibreerd , opnieuw gekalibreerd voor nauwkeurigheid alvorens te worden getest . Toch moet worden opgemerkt dat het toevoegen van een element vereist een grondige kennis van hoe het element zal handelen en reageren in het scheppen van een band als met andere atomen .