Hoe te Sequence converteren naar Fasta

Een gemeenschappelijk doel voor medisch onderzoek omvat de identificatie van fouten , of mutaties in DNA-sequentie dat genetische gerelateerde ziekte kunnen veroorzaken . Technologie en informatica hebben geavanceerde genetisch onderzoek naar een niveau waar duizenden sequence gegevens tegelijkertijd kunnen worden geanalyseerd . Een bepaling van nieuwere software is voorafgaande omzetting van sequence data in FASTA formaat . FASTA lijkt op eenvoudige tekstformaat . Hiermee meerdere stukken data worden opgesteld in een enkel bestand en versnelt analyse . Echter, de meeste instrumenten genereren reeks bestanden in tekstformaat. Het omzetten van tekst naar FASTA formaat is een eenvoudig proces met behulp van tekst-editor software. Wat je nodig hebt
Computer
tekst editor programma
Toon meer instructies
1

de aangewezen DNA-sequentie tekstbestand openen door middel van tekst - editing programma . Dit zou Text Editor voor MacIntosh en Note Pad voor Windows-compatibele systemen. Oorspronkelijke volgorde tekstbestanden zou een alternatief extensie zoals volgende voor gegevens die op een Applied Biosystems geautomatiseerde genetische analyzer hebben . Kopen van 2

Begin de eerste lijn door te typen > gevolgd door een sequentie identifier . De groter -dan-teken duidt FASTA formaat voor programma's die FASTA gegevens te analyseren. Er zijn geen specifieke regels met betrekking tot de identifier , zolang er geen spaties . Een voorbeeld van een aanvaardbare inschrijving voor de eerste lijn is > Cat_Isomerase_Exon3 .

Druk op de toets 3 " Terug " om een ​​lijn te breken en begint met de tweede lijn .

4

sequence data Begin op lijn twee . Richtlijnen FASTA formaat vereisen DNA tekstgegevens volgende Internationale Unie voor Zuivere en Toegepaste Scheikunde , IUPAC , codes . Elke lijn is beperkt tot 80 tekens die 80 DNA-basen en kan hoofdletters of kleine letters zijn. Een aanvaardbare binnenkomst waaronder gemengde bases is AGCTTCGTGG ... CVTGCGTTGT .

Druk op de toets 5 " Return" op de volgende regel van sequence data beginnen . Elke regel moet bestaan ​​uit 80 basen vertegenwoordigd door de IUPAC -code .
6

Sla het bestand met de txt of passend FASTA bestandsextensie . Programma's die FASTA geformatteerde data verwerken vereisen vaak een FASTA bepaald toestel zoals Wft , fna , FFN of frn .