De eindproducten van de eiwitvertering zijn aminozuren. Eiwitten zijn grote moleculen die bestaan ​​uit ketens van aminozuren. Tijdens de spijsvertering worden deze eiwitten afgebroken tot steeds kleinere peptiden door enzymen zoals pepsine, trypsine en chymotrypsine. Deze peptiden worden vervolgens verder afgebroken tot individuele aminozuren door enzymen zoals carboxypeptidasen en aminopeptidasen. Deze aminozuren worden vervolgens in de bloedbaan opgenomen en kunnen worden gebruikt om nieuwe eiwitten of andere moleculen te synthetiseren, of ze kunnen verder worden afgebroken om energie te produceren.